Lahir di Ternate, Maluku Utara, pada 30 Oktober 1966. Beliau menempuh pendidikan sarjana pada Jurusan Pengolahan Hasil Perikanan, Fakultas Perikanan, Universitas Pattimura (UNPATTI) Ambon dan lulus pada tahun 1991. Pendidikan magister diselesaikannya pada Program Studi Teknologi Pascapanen Pertanian, Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor (IPB) pada tahun 2001. Selanjutnya, beliau meraih gelar doktor pada tahun 2013 dari Program Studi Ilmu Pangan, Fakultas Teknologi Pertanian, Universitas Gadjah Mada (UGM), Yogyakarta.
Dalam perjalanan kariernya, Dr. Muhammad Assagaf telah mengabdikan diri sebagai peneliti aparatur sipil negara di berbagai lembaga penelitian pertanian. Beliau pernah bertugas di Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) Nusa Tenggara Timur dari 1996 hingga tahun 2004, kemudian melanjutkan pengabdian di BPTP Maluku Utara sampai tahun 2019, serta di BPTP Kendari hingga tahun 2021. Sejak tahun 2021 hingga 2024, beliau aktif sebagai Periset di Pusat Riset Agroindustri, Organisasi Riset Pertanian dan Pangan, Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) Republik Indonesia.
Selain berkiprah di dunia riset, beliau juga aktif dalam berbagai organisasi profesi dan pengembangan masyarakat. Pada periode 2020 hingga Oktober 2024, beliau menjabat sebagai Ketua Cabang Perhimpunan Ahli Teknologi Pangan Indonesia (PATPI) Ternate, serta turut menjadi anggota pengurus PATPI Pusat. Sejak Mei 2023 hingga sekarang, beliau juga dipercaya mengemban amanah sebagai Direktur Infrastruktur Ekosistem Syariah pada Komite Daerah Ekonomi dan Keuangan Syariah (KDEKS) Maluku Utara hingga saat ini.
Komitmennya terhadap pengembangan ilmu pengetahuan juga diwujudkan melalui keterlibatan aktif di Pusat Kolaborasi Riset (PUKAT) Maluku Utara sebagai peneliti dan Ketua Dewan Pembina sejak tahun 2022. Di bidang akademik, beliau menjadi dosen luar biasa pada Program Studi Teknologi Hasil Pertanian, Fakultas Pertanian, Universitas Khairun Ternate sejak tahun 2013 hingga sekarang. Beliau juga pernah aktif mengajar di Program Studi Agribisnis, Fakultas Pertanian dan Perikanan, Universitas Muhammadiyah Maluku Utara, Ternate.
Sebagai akademisi dan peneliti, Dr. Muhammad Assagaf telah menghasilkan banyak karya tulis ilmiah yang dipublikasikan dalam jurnal dan prosiding, baik di tingkat nasional maupun internasional. Selain itu, beliau juga telah menulis sejumlah buku, baik sebagai penulis tunggal maupun dalam bentuk kolaborasi chapter book.
